Cristina Fernández de Kirchner kormánya dobta be a köztudatba azokat az alaptalan feltevéseket, amelyek szerint Jorge Bergoglio 1976-ban - a jezsuita rend argentínai tartományfőnökeként - nem állt ki kellő mértékben a diktatúra idején elhurcolt és megkínzott két jezsuita pap mellett, sőt köze lehetett a letartóztatásukhoz is - állította Horacio Méndez Carreras ügyvéd, akit a La Croix című francia napilap idézett. Az ügyvéd hozzátette: Kirchner a diktatúra alatt vállalt cinkossággal vagy hallgatással vádolja, s próbálja ezáltal lejáratni ellenfeleit. A Ferenc pápa elleni vádak hamisak - szögezte le Carreras, aki két, a diktatúra alatt meggyilkolt francia apáca családját képviseli. 

A La Croix idézte az egyik elhurcolt jezsuita pap bizalmas barátját, Juan Carlos Scannonét, aki szerint Bergoglio annak idején "mindent megtett" Orlando Yorio és a magyar származású Jálics Ferenc kiszabadításáért. Ügyük érdekében találkozott Jorge Rafael Videla és Emilio Eduardo Massera egykori argentin diktátorokkal is.  katolikus egyházfő elleni vádakat elsősorban Horacio Verbitsky argentin újságíró, a Página 12 című, Kirchner-párti napilap igazgatója kezdte terjeszteni. Később ezt átvették fontos argentin emberi jogi szervezetek is, amelyek általában bíráló hangon nyilatkoznak az egyházi hierarchiával kapcsolatban. 

A La Croix beszámolt arról, hogy Bergoglio bíboros és a 2003 óta hatalmon levő Kirchner-házaspár kapcsolata nagyon feszült volt. (Cristina Kirchner elődje az elnöki székben 2003 és 2007 között néhai férje, Néstor Kirchner volt.) Buenos Aires-i érsekként Bergoglio rendszeresen ellátogatott a város nyomornegyedeibe, és azt hangoztatta, hogy a szegénység "az emberi jogok megsértése". Nyíltan korrupcióval vádolta meg a kormányt, és felszólalt az azonos neműek házasságát és az eutanáziát lehetővé tevő törvények ellen. Cristina Kirchner válaszul "középkori" gondolkodásúnak bélyegezte meg Bergogliót.